La commune d'Aguilcourt s'étend sur 10,57km² (1057ha) et son altitude moyenne est de 56m.
Son territoire borde, au nord-est, la rivière Suippe.
Les parties urbaniséessont réparties sur le bourg et sur le hameau de Merlet.
Le reste du territoire est constitué principalement de terres agricoles ; une zone de marais et de peupleuraies longe la Suippe.
Le bourg se situe à l'intersection de deux routes départementales, la RD62 et la RD622.
A l'extrémité ouest passe l'autoroute A26 (dite autoroute des anglais) dont l'accès le plus proche se situe à Guignicourt.
Le territoire d'Aguilcourt jouxte les communes axonnaises de Condé sur Suippe, Variscourt, Bertricourt, Orainville et marmaises de Berméricourt et Cormicy.